Три капеллы, упомянутые в заголовке, расположены друг за другом (и в том порядке, как написано) сразу справа от алтаря и главной капеллы. Первые две капеллы расписаны самим Джотто в 20-х годах 14 века.
1) Капелла Барди
Фрески Джотто представляют житие Св. Франциска Ассизского.
Левая стена:

Сверху вниз: 1) Отказ от имущества в присутствии епископа Гвидо и отца Бернардоне; 2) Явление Св. Франциска перед Св. Антонием в капитуле Арля; 3) Похороны Св. Франциска. Неверующий Иероним (Girolamo) ищет стигматы.
Крупнее (снять фронтально фрески почти нигде нельзя; поэтому верхние изображения видны плохо):


Правая стена:

Сверху вниз: 1) Утверждение устава [ордена францисканцев]; 2) Испытание огнем перед султаном; 3) Видение брату Августину и епископу Гвидо из Ассизи


Фронтальный снимок капеллы:

Здесь изображены Св. Клара, Св. Людовик Тулузский и Св. Елизавета. Витраж по проекту Якопо дель Казентино, фрески которого можно видеть в соседней капелле Velluti.
Алтарный образ выполнен анонимным художником, названным Мастером Св. Франциска Барди.

Над входом в капеллу можно видеть фреску "Получение Св. Франциском стигматов", почти идентичную фреске из верхней базилики S. Francesco в Ассизи:

2) Капелла Перуцци
На фресках этой капеллы Джотто изобразил эпизоды истории Св. Иоанна Крестителя и Св. Иоанна Богослова.
Левая стена (история Иоанна Крестителя):

Сверху вниз: 1) Благая весть Захарии (отцу Св. Иоанна); 2) Рождество Иоанна Крестителя; 3) Пир у царя Ирода.
Ближе:


Правая стена (история Иоанна Богослова):

Сверху вниз: 1) На острове Патмос; 2) Воскресение Друзианы; 3) Вознесение Св. Иоанна


Витраж и алтарь:



(кем написан триптих, я не смог узнать.)
3) Капелла Веллути
Фрески этой капеллы написаны Якопо дель Казентино около 1328 года. Справа изображен Михаил Архангел, сражающийся с драконом:

Слева - явление архангела Михаила на горе Гарган:

Алтарь работы Джованни дель Бьондо и Нери ди Биччи:



Дам две ссылки на Википедию.
1) Описание базилики S. Croce.
Именно итальянская Википедия дает весьма подробную информацию.
2) Житие Св. Франциска Ассизского.